نسخه پنج IIS ، سرويس های  WWW ، FTP، SMTP و NNTP را ارائه می نمايد . سه نرم افزار و سرويس ديگر نيز با IIS در گير می شوند : Certificate Server , Index server و Transaction server .
امنيت در  IIS  متاثر از سيستم عامل است . مجوزهای فايل ها ،  تنظيمات ريجستری ،  استفاده از رمزعبور،  حقوق کاربران و ساير موارد مربوطه ارتباط مستقيم و نزديکی با امنيت در IIS دارند .
قبل از پيکربندی مناسب IIS ،  لازم است که نحوه استفاده از سرويس دهنده دقيقا" مشخص گردد . پيکربندی دايرکتوری های IIS ، فايل ها ،  پورت های TCP/IP  و Account کاربران نمونه هائی در اين زمينه بوده که پاسخ مناسب به سوالات زير در اين رابطه راهگشا خواهد بود :

  • آيا سرويس دهنده از طريق اينترنت قابل دستيابی است ؟

  • آيا سرويس دهنده از طريق اينترانت قابل دستيابی است ؟

  • چه تعداد وب سايت بر روی سرويس دهنده ميزبان خواهند شد ؟

  • آيا وب سايت ها  نيازمند استفاده از محتويات  بصورت اشتراکی می باشند ؟

  • آيا سرويس دهنده امکان دستيابی را برای افراد ناشناس ( هر فرد ) فراهم نموده و يا صرفا" افراد مجاز حق استفاده از سرويس دهنده را خواهند داشت ؟ و يا هر دو ؟

  • آيا امکان استفاده و حمايت از SSL)Secure Socket Layer) وجود دارد ؟

  • آيا سرويس دهنده صرفا" برای دستيابی به وب از طريق HTTP استفاده می گردد ؟

  • آيا سرويس دهنده ، سرويس FTP را حمايت می نمايد ؟

  • آيا کاربرانی وجود دارد که نيازمند عمليات خاصی نظير کپی، فعال  نمودن، حذف و يا نوشتن فايل هائی بر روی سرويس دهنده  باشند ؟

موارد زير در زمان نصب IIS پيشنهاد  می گردد :

  • کامپيوتری که IIS بر روی آن نصب شده است را در يک محل امن فيزيکی قرار داده و صرفا" افراد مجاز قادر به دستيابی فيزيکی به سرويس دهنده باشند .

  • در صورت امکان،  IIS را بر روی يک سرويس دهنده Standalone نصب نمائيد. در صورتيکه IIS بر روی يک سرويس دهنده از نوع Domain Controller نصب گردد و سرويس دهنده وب مورد حمله قرار گيرد، تمام سرويس دهنده بهمراه اطلاعات موجود در معرض آسيب قرار خواهند گرفت . علاوه بر مورد فوق،  نصب IIS بر روی يک سرويس دهنده از نوع Domain controller ، باعث افزايش حجم عمليات سرويس دهنده و متعاقبا" کاهش کارآئی سيستم در ارائه سرويس های مربوط به وب خواهد شد .

  •  برنامه های کاربردی و يا ابزارهای پياده سازی نمی بايست بر روی سرويس دهنده IIS نصب گردند .

  • کامپيوتر مربوط به نصب IIS را بگونه ای مناسب پارتيشن نموده تا هر يک از سرويس ها نظير www و يا FTP بر روی پارتيشن های مجزاء قرار گيرند .

  • IIS امکان نصب برنامه ها را در مکانی ديگر بجز پارتيشن C فراهم نمی نمايد ( مگراينکه يک نصب سفارشی داشته باشيم )  .موضوع فوق به  عملکرد سيستم عامل مرتبط می گردد . مجوزهای پيش فرض در رابطه با %Systemdrive%   اعمال می گردد ( مثلا" درايو C)  . موضوع فوق می تواند باعث عدم صحت کارکرد مناسب برخی از سرويس های IIS گردد. می بايست مطمئن شد که مجوزهای سيستم عامل با عمليات مربوط به سرويس های IIS ، رابطه ای  ندارند .

  • تمام پروتکل های پشته ای (Stack) غير از TCP/IP را از روی سيستم حذف نمائيد. ( در موارديکه برخی از کاربران اينترانت نيازمند برخی از اين نوع پروتکل ها می باشند می بايست با دقت اقدام به نصب و پيکربندی مناسب آن نمود ) .

  • روتينگ IP ، بصورت پيش فرض غيرفعال است و می بايست به همان حالت باقی بماند . در صورت فعال شدن  روتينگ ، اين امکان وجود خواهد داشت که داده هائی از طريق کاربران اينترانت به اينترنت ارسال گردد .

  • نصب Client for Microsoft networking ، بمنظور اجرای سرويس های HTTP,FTP,SMTP و NNTP ضروری خواهد بود . در صورتيکه ماژول فوق نصب نگردد، امکان اجرای سرويس های فوق   بصورت دستی و يا اتوماتيک وجود نخواهد داشت .

  • در صورتيکه  تمايل به نصب سرويس های NNTP و SMTP ، می بايست سرويس File and Print Sharing for Microsoft نيز نصب گردند .

عمليات قبل از نصب IIS
در زمان نصب IIS ، يک account پيش فرض به منظور ورود کاربران گمنام ( ناشناس ) به شبکه ايجاد می گردد . نام پيش فرض برای account فوق ، IUSER_computername بوده که computername  نام کامپيوتری است که IIS بر روی آن نصب شده است . account فوق ، می بايست دارای کمترين حقوق و مجوزهای مربوطه بوده  و  گزينه ها ی user cannot change password و password Never Expires  فعال شده باشد. account فوق همچنين می بايست از نوع local account بوده و domain-wide account را شامل نگرديده و دارای مجور ورود به شبکه بصورت محلی باشد (log on locally) . مجوزهای  Access this computer from the network و يا log on as a batch job در رابطه با account ، فوق می بايست غير فعال گردند .  در صورتيکه سياست ارتباط با وب سايت ، صرفا" کاربران مجاز باشد، پيشنهاد می گردد account فوق ، غير فعال گردد . بدين ترتيب تمام کاربران با استفاده از نام و رمز عبور مربوطه  قادر به ورود به سايت خواهند بود . 
گروه هائی برای فايل دايرکتوری و اهداف مديريتی
حداقل دو گروه جديد که در IIS قصد استفاده از انان را داريم، می بايست ايجاد گردد : گروه WebAdmin  ( نام فوق کاملا" اختياری است ) . در گروه فوق،  کاربرانی که مسئوليت مديريت محتويات WWW/FTP را دارند، تعريف می گردند . در صورتيکه سرويس دهنده ،  چندين سايت را ميزبان شده است، برای هر سايت يک گروه مديريتی ايجاد می گردد .  گروه WebUser ( نام فوق کاملا" اختياری است ) . در گروه فوق ليست account افراد  مجاز برای ارتباط با  سايت ، تعريف می گردد. در حالت اوليه ، گروه فوق صرفا" شامل IUSER_computername  است . از گروه های فوق برای تنظيمات مربوط به مجوزهای NTFS استفاده می گردد . IUSER_computername نبايد عضو گروهی ديگر باشد . بصورت پيش فرض IUSER_computername عضو گروه های Guests، Everyone  و Users است  . پيشنهاد  می گردد account فوق ، از گروه Guests حذف و به گروه WebUsers اضافه گردد .( امکان حذف account فوق از ساير گروهها وجود ندارد ) . دقت گردد که تمام افراد  موجود در گروه WebUsers می بايست صرفا" برای دستيابی به وب سايت تعريف شده باشند و نبايد عضوی از ساير گروهها باشند .  
مديريت IIS با چندين گروه
نسخه  شماره چهار IIS ، امکان تعريف گروههای محلی بمنظور پيکربندی و تعريف گروههای مديريتی متفاوت برای سرويس های IIS را فراهم می نمود . رويکرد فوق در نسخه شماره پنج IIS ، تغيير يافته است . گروهها ی محلی می توانند و می بايست برای گروههای مديريتی متفاوت ايجاد گردند . تفاوت موجود بين گروههای محلی برای سرويس www و FTP صرفا"  استفاده از  مجوزهای NTFS  خواهد بود . سرويس های SMTP و NNTP ، قابليت تنظيم گروههای محلی را بعنوان اپراتورهای مديريتی برای سرويس دهنده  IIS فراهم می نمايد .
نصب تمام Patch ها برای سيستم عامل و IIS
مديران IIS ،  می بايست همواره بررسی های لازم در خصوص آخرين نسخه های  fixes و  patch  را انجام داده  و پس از تهيه ، اقدام به نصب آنان نمايند . بدين منظور می توان از بخش Security سايت ماکروسافت ملاقات و برنامه های جديد را اخذ و نصب نمود .